Ve Velké Chuchli Zemská školní rada v Praze povolila zřízení samostatné obecné dvojtřídní školy až v roce 1930. To již byl pro její stavbu vybrán obecní pozemek u silnice ke Slivenci. Ve výběrovém řízení Byla vybrána stavební firma a stavební dozor převzali členové školní rady, mj. František Lapáček a František Čmelinský. 31.8. 1933 byla stavba dokončena a zkolaudována. Zastupitelstvo se usneslo, aby škola nesla jméno Charlotty Masarykové. Prezidentská kancelář vyhověla, na slavnost byla pozvána dcera prezidenta Alice Masaryková, která se pro zaneprázdnění nedostavila. Škola byla vybavena z darů příznivců a předána veřejnosti 17. září 1933.

Prvním ředitelem školy byl Albín Dvořáček, škola byla pětitřídní a před druhou světovou válkou do ní chodilo průměrně 222 žáků. V roce 1939 nastoupil místo ředitele Václav Chmelíř a zastával toto místo až do roku 1950, kdy ho vystřídal Josef Nečesaný. V květnu 1945 škola posloužila jako lazaret pro zraněné a teprve 22. května 1945 žáci nastoupili do školy s nezměněným učitelským sborem. Školní rok tehdy skončil 12. července 1945.

V létech 1946 až 47 bylo omezeno vyučování z důvodu nedostatku uhlí. Děti dostávaly svačiny, kakao a rohlík, na podporu fyzické kondice i rybí tuk. Na přilepšenou 51 balíčků čokolády. Průměrný stav žatva v letech 1945 až 1956 byl 164 žáků. V roce 1953 navštívila školu čínská delegace s předsedou vlády lidově demokratické Číny. K mezinárodnímu Dni dětí přijeli zase hosté ze Španělska. Žáci se zúčastnili I. Spartakiády i se svými učiteli.

Od školního roku 1956 – 57 byla zahájena „Osmiletá střední škola“ se 7 postupovými třídami. Organizoval se sběr papíru a hadrů. Školu navštívil Jean Piagef – psycholog z pařížské Sorbonny a udělal testy v 1. třídě. Rovněž byla zahájena výstavba školiček (pavilonů), následujícího roku byla druhá školička otevřena a zahájeno vyučování v 8. postupných ročnících. Ve škole byla přijata maďarská vládní delegace.

Škola byla určena jako výzkumná. Ve školním roce 1957 – 58 byly připraveny pro žáky 8. tříd závěrečné zkoušky. V letech 1956 – 58 chodilo do školy průměrně 225 dětí. Ve školním roce 1958 – 59 byla školní docházka prodloužena o 1 rok, tedy 9 tříd. Přijela návštěva turistů z Ruska.

V roce 1960 se žáci povinně zúčastnili II. Spartakiády na kterou skladby nacvičili učitelé v hodinách tělesné výchovy. Ve škole probíhaly rozhlasové relace a desetiminutovky Pionýrské organizace. V roce 1963 nastoupil na školu ředitel Stanislav Jindřich. V roce 1965 byla III. celostátní Spartakiáda – opět s žáky školy. Leningradští turisté navštívili školu.

Od roku 1958 do roku 1975 byl průměr žáků 213. Ředitelem od 1974 do 1978 byl Václav Hobzík.

Ve školním roce 1981 byla opět zavedena osmiletá povinná školní docházka.

Od roku 1978 – 81 byl ředitelem Jaromír Sulkovský. Školní rok 1981 – 1982 vedla školu Milada Hanzelínová. Od roku 1983 do roku 1991 stál v čele školy Pavel Vaněk. Rok 1991 září byl ve znamení změny celé společnosti a školu od té doby vedl Jiří Kovařík. Od roku 1997 byla ve škole opět zavedena devítiletá školní docházka. Postupně byla postavena nová školní jídelna, přistavena sborovna, sklad učebnic, učebna jazyků a všechny tři budovy byly propojeny spojovací chodbou.

V posledních letech má škola stabilně okolo 175 žáků. Od roku 1999 nese opět škola jméno manželky prvního československého prezidenta Charlotty Garrigueové Masarykové. V roce 2001 byla ve škola instalovaná počítačová síť v rámci celostátního projektu Internet do škol. V následujícím roce škola posloužila jako evakuační středisko pro postižené povodní a v roce 2003 se do spodního pavilonu (který byl k tomu účelu upraven) na tři následující roky přestěhovala mateřská škola. Od 5.2.2007 je ředitelkou školy Mgr. Eliška Jančíková a ve školním roce 2007/2008  škola zahájila výuku v 1. a 6. ročníku podle školního vzdělávacího programu Podkovička.