V Malé Chuchli byl kostel, postavený v románském slohu, již ve 12. století s tím, že od roku 1264 se jednalo již o kostel farní. Vzhledem k tomu, že kostel stále trpěl přívaly vod a vlhkostí, vlivem častých povodní, byl v 18. století zbořen. Místo, kde stál bylo zavezeno a v roce 1774 byl na starých základech postaven v pozdně barokním až rokokovém slohu, na náklady zbraslavského opata Celestina Stoye, kostel nový. Tímto opatem byl také 7. září 1774 slavnostně posvěcen.
V letech 1860 až 1861 prošel kostel opravou, na níž peníze, ve výši 700 zl. věnoval kníže Oettingen Wallerstein. Klempířské práce, o které se tehdy mimo jiné jednalo, provedl mistr Tomáš ze Zbraslavi. Další oprava, nový plášť střechy, se uskutečnila za sto let, v letech 1970 až 1971.
A nyní několik slov ke vzhledu kostela. Presbytář je čtvercový a připojuje se k širší obdélné lodi. Na sedlové střeše, z jejíhož hřebene vyrůstá sanktusová věžička, která je pobitá plechem, je prejzová krytina. Východní i západní průčelí jsou tvořeny štítovými stěnami trojúhelníkového tvaru, ze stran rámovaným volutami a nahoře zakončenými tympanony přilbovitého obrysu. V západním štítu je kasulové okno. Východní štít nese ve středu kamenný znak s rokokovou ornamentikou. Okna jsou obdélníková, zaklenutá nízkým segmentem. Vnitřek je plochostropý, jak v lodi, tak i v presbytáři. Vítězný oblouk má podobu stlačeného oblouků. V jeho cípech je barvou napsán latinský nápis, vztahující se k obnově kostela v roce 1774 a pod ním je další nápis, tentokrát z let 1860, kdy byl kostel opravován.
Hlavní oltář Narození Panny Marie, jehož autor není znám, je barokní, stejně jako postranní oltáře. Po stranách, nad brankami za oltářem jsou sochy andělů. Obrazy na dřevěných deskách – na stěnách presbyteria, hlava sv. Petra a Panna Maria Zbraslavská sem byly přeneseny ze Zbraslavi. Na choru jsou dále varhany, které pochází z doby kolem roku 1860. Na kostelní věži je zvon, ještě z doby před postavením kostela, z roku 1708, jenž byl zasvěcený sv. Bernardu.
V letech 1995 až 1997 prošel kostel náročnou rekonstrukcí a následně opět sloužil svému účelu. Konaly se zde pravidelně mše (později sloužené i v latinském jazyce), koncerty a také Noc kostelů. V roce 2018 byl kostel předán do správy Pravoslavné církvi v českých zemích a na Slovensku, konkrétně řecké farnosti, která si interiér kostela upravila pro své potřeby a koná zde pravidelné bohoslužby.
V minulosti patřila ke kostelu neodmyslitelně fara (o níž je známo, že každé pololetí platila papežský desátek v hodnotě 9 grošů) a k ní i faráři, kteří kostel spravovali. Z dochovaných zpráv je známo, že:
- Jakub, kanovník kostela sv. Jiří zde byl v roce 1264;
- v roce 1360 uvedl chuchelský farář plebána na Zlíchov;
- v roce 1371 zde byl Václav, který faru směnil s Janem, farářem kostela Filipa a Jakuba ve Starém Městě;
- v roce 1374 směnil Jan faru s Matyášem Mauriciovým, farářem v Mořinech;
- roku 1378, 12. července směnil Matyáš faru s Heřmanem, farářem radotínským, který již 15. srpna téhož roku ji směnil s Janem, farářem v Lešnici.
- v roce 1384 farář Petr pronajal farní důchod Johánkovi, knězi a Petru klerikovi;
- farář Erazim se fary vzdal 9. prosince 1395 a na jeho místo byl uveden farář Jakub, jenž byl před tím u sv. Jana v Praze na Újezdě. Dlouho zde ale nebyl, neboť hned v témže roce zemřel;
- na jeho místo nastoupil M. Pavel, s nímž tuto faru v roce 1403 směnil Bernart, oltářník z Kutné Hory, jenž byl zlíchovským farářem;
- po Bernardovi spravoval Chuchli farář Petr, se kterým 30. října 1415 tuto faru směnil František, plebán od sv. Ondřeje ve Starém městě pražském;
- když se v šestnáctém století dostala Chuchle do světských rukou, spravovali kostel kališničtí faráři; před rokem 1534 je znám kněz Matouš a po něm pak byl kněz Vojtěch;
- když byla Chuchle vrácena Zbraslavskému klášteru, byla zdejší fara zrušena a kostel se stal pouze filiálním a kromě poustevníků zde přisluhovali cisterciáci ze Zbraslavi. Po zrušení jejich řádu pak zbraslavští faráři;
- v letech 1816 až 1829 zde dlel kaplan ze Zbraslavi, aby sloužil mši pro lázeňské hosty;
- v první polovině minulého století byl zde oblíbenou postavou kunratický děkan Josef Valášek (1862 – 1947), který sloužíval pravidelné bohoslužby v obou chuchelských kostelech.