V roce 1611, byly Chuchle vydrancovány vojskem Pasovského biskupa a o rok později vojskem uherského krále Matyáše, který vtrhl do české země s cílem zbavit trůnu Rudolfa II.

Další zkázu přinesla potom třicetiletá válka. „Malý a Velký Chuchel,“ jak se tehdy psalo, koupila  v rámci konfiskací s řadou dalších statků a vsí v roce 1618 Anna Pfefferkonová z Otopachu. Jak je zapsáno v zemských deskách, po bitvě na Bílé Hoře byl majetek rozhodnutím konfiskační komise vrácen původnímu majiteli, tj. Zbraslavskému klášteru. To ale již  obě obce drancovala vojska habsburské monarchie a jejích spojenců.

V roce 1631 obsadilo široké okolí Zbraslavi saské vojsko.  Největší pohroma však přišla v roce 1634, kdy se zde usadilo vojsko švédského krále. Generál Johann Gustavson Banner, jenž měl v průběhu neúspěšného obléhání Prahy svůj štáb právě ve Zbraslavském klášteře, byl císařským vojskem zahnán. To pak opět klášter obsadilo a pokračovalo v drancování celého okolí. Rakouský generál Hatzfeld opustil klášter 23. září 1634, kdy se zase celého kraje zmocnilo švédské vojsko. To, celý klášter i okolí vypálilo a v podstatě vše srovnalo se zemí. Potřetí tudy Švédové táhli o pět let později, a to po vítězství v bitvě u Breitenfeldu. Zaznamenáno je, že nejvíce škod zde napáchal Bannerův podřízený Alfréd Wittenberg.  V roce 1645 v tomto kraji řádilo císařské vojsko pod vedením generála Götze, které se vracelo z prohrané bitvy u Jankova. Naposledy zde pak Švédové prošli v roce 1648, kdy se pokusili přes Hradčany obsadit Staré a Nové Město. V témže roce končí Vestfálským mírem třicetiletá válka.

Stav obce v té době lze vysledovat z tzv. Soupisu katolíků a nekatolíků a svobodníků na panství zbraslavském ku dni 22. dubnu 1651, který pro zbraslavské panství pořídil jeho správce a úředník Jakub Szbrzinsky ze Zlaté Skály.

Malá Kuchel

Celkem 6 katolíků, dále kostel je zal. Nebevstoupení Blahoslavené P. Marie, přitom záduší peněz na dluzích se nachází 40 zlatých, 9 krav, polí 50 a luk 2 strychy.

Kuchel Velká

Z uvedeného soupisu je patrné, že v Malé Chuchli zbyly po válce dva statky se šesti obyvateli. Podle dalšího soupisu je zřejmé, že správa byla řízena z Velké Chuchle, která měla v soupisu svého rychtáře. Žilo zde celkem 26 obyvatel v devíti staveních (rychta, 4 statky, 4 chalupy).

Ze soupisu se rovněž dočteme, že ves Chuchel „…pusta zůstává a stavení jejich na most a do ležení gen. Wittebergkera jest roznešené a na zimu ani jediné čtvrtce obilí není zaseto a dobytka žádného nemají.“

Konec Třicetileté války byl impulsem pro klášter, který podporoval obnovu svých majetků, a to nejen po stránce hospodářské, ale i architektonické a duchovní. Toto vše měl ulehčeno celkovou situací v českých zemích – období rekatolizace totiž plně odpovídalo podmínkám kláštera, který v té době zažíval nebývalý rozvoj. Již v letech 1646 a 1647 byl zde hostem císař Ferdinand III., od kterého pravděpodobně klášter získal peníze na rozsáhlou přestavbu svých budov. Z popudu císaře se také rozvíjel kult Panny Marie, které svěřil své království pod zvláštní ochranu. A právě Mariánský kult měl velký vliv na vznik a rozvoj chuchelských lázní.