Kostel stojí na ostrohu mezi oběma Chuchlemi v Chuchelském háji. Jedná se o velice dobře umístěnou jednolodní podélnou stavbu s čtvercovým presbytářem, který je osvětlen kruhovým oknem a nevysokou věží na západní straně.
Klenba presbytáře je zdobena štukem, znázorňujícím sv. Jana Nepomuckého v květinovém a ovocném věnci, obklopeného anděly. V cípech klenby jsou pak alegorické postavy, znázorňující světcovy ctnosti: víru, dobročinnost a čistotu. Hlavní oltář je barokní – z doby výstavby kostela – s obrazem od neznámého autora, na němž je zobrazen sv. Jan Nepomucký. Nad ním je dále umístěna kopie Panny Marie Zbraslavské, jenž je zasazena do osmibokého rámu. Boční stěny kostela byly ozdobeny dalšími obrazy, na nichž byly výjevy ze životě světce, například: Utopení sv. Jana, Sv. Jan v rakvi, Sv. Jan v mučírně a sv. Jan na úmrtním loži. Tyto obrazy ale byly v roce 1990 z kostela ukradeny, stejně jako jeho další příslušenství.
Po stranách hlavního oltáře jsou sochy sv. Prokopa a sv. Ivana z roku 1729. Vedle něho je do zdi vložena mramorová deska z roku 1931 až 1935, kdy byl kostel opravován. Tehdy sem byly dány také nové zvony, na střechu byl položen nový krov a věž byla pokryta měděnou krytinou. Všechny tyto úpravy byly na náklady patrona kostela – majitele panství – Cyrila Bartoně z Dobenína. Hlavní vchod do kostela vede pod věží, jejíž krov tvoří jehlan zakončený lucernou.
Po 2. světové válce začal kostel stále více a více chátrat až „dozrála“ doba, kdy oprava byla naprosto nezbytná. Stalo se tak na podzim 1992. Rekonstrukce, která stála 7 mil. korun, byla provedena v neuvěřitelně krátkém čase, za devět měsíců. A tak 22. května 1993, právě v roce 600. výročí umučení sv. Jana Nepomuckého, byl kostel znovu vysvěcen a začal tak opět sloužit svému účelu. Celková oprava byla pak dokončena o rok později, kdy byl 3. dubna 1994 slavnostně posvěcen zvon „sv. Jan Nepomucký“, který kostelu věnovalo chuchelské zastupitelstvo.
V kostele se pravidelně konají mše v době letního času vždy první sobotu v měsíci, probíhají zde občas svatby, pohřby a kulturní akce. Tradici zde má provedení České mše vánoční Jakuba Jana Ryby (vždy kolem svátku Tří králů), adventní koncert nebo Noc kostelů.