Na základě zákona České národní rady 418/90 ze dne 9.10.1990 o hl. m. Praze vznikla k 24.11.1990 vedle ostatních 55 městských částí  také městská část Praha – Velká Chuchle, kterou tvoří katastrální území Malá Chuchle a Velká Chuchle.  Chuchelské zastupitelstvo se v té době muselo potýkat se stížnostmi občanů na připravovanou výstavbu dlouhodobě plánovaných staveb – parkoviště ČSAD mezi Malou a Velkou Chuchlí, výstavba 26 domků v ulici Na Hvězdárně. Městská část ale měla i další problémy s nedostatečným napojením komunikací na Prahu, špatnou vybaveností (zcela chyběla kanalizace, bylo nedostatečné pokrytí televizním signálem, rozvod plynu se teprve budoval).

Největší investiční akcí byla proto v uvedeném období právě výstavba a obnova infrastruktury městské části (kanalizace, plynofikace, rozvod telefonu a kabelové televize, rekonstrukce vodovodu) a dostavba základní školy (1997-1998). Mimo to v Malé Chuchli byl v roce 1993 hlavním městem  postaven podchod pod ulicí Strakonickou, který nahradil nebezpečný přechod silnice.

Opravy se dočkaly i kulturní památky kostel sv. Jana Nepomuckého (v letech 1992 – 1993), kostel Narození Panny Marie v Malé Chuchli (v letech 1995 – 1997). V roce 1994 zaniklo chuchelské kino z důvodu nezájmu občanů. Od roku 1996 je v provozu Klubový dům, kde v té době slouží veřejnosti pošta, knihovna, restaurace, zázemí pro Sbor dobrovolných hasičů. V roce 1998 byla otevřena naučná stezka Barrandovské skály – Chuchelský háj, v roce 1999 Magistrát hl. m. Prahy obnovil zookoutek v Chuchelském háji. Téhož roku se základní škola dočkala znovu pojmenování jménem Charlotty Masarykové a zdejší zastupitelstvo schválilo znak a prapor městské části. V roce 2002 si městská část připomněla 870. výročí od vzniku první zmínky. V srpnu téhož roku Malou a Velkou Chuchli postihla povodeň, které nemá v novodobé historii obdoby. Soutok Vltavy a Berounky se ve dnech 12. – 14. srpna posunul do oblasti mezi Malou a Velkou Chuchlí, Vltava v Malé Chuchli dosáhla rekordního průtoku 5160 m3/s a hladiny 785 cm. Zaplavena byla celá oblast od Vltavy a Berounky k železničnímu náspu.