V souvislosti s lázněmi, zažíval slavné období i kostel Narození Panny Marie v Malé Chuchli, neboť nedalekému pramenu s kapličkou, který dal základ ke vzniku lázní, byla přisuzována zázračná moc a stal se tak známým poutním místem.
Přesné datum vzniku lázní neznáme. Přestože v Tereziánském katastru o nich není ani zmínka, je možné usuzovat, že zde existovaly před rokem 1729, a to na základě poznámky církevního historika Antonína Podlahy. Ve svých záznamech uvádí, že popud k založení kostela sv. Jana Nepomuckého nad Chuchlí, dal jakýsi polský šlechtic, jenž se v uvedeném roce léčil a uzdravil ve vyhlášených lázních. Jestliže šlo tudíž o lázně známé, musely být založeny již o několik let dříve, než byl proveden tento zápis.
První, oficiální zmínka o nich ale pochází až z roku 1736. Jednalo se o stížnost Marie Schellenbergerové, která pronajala lázeňský dům a mlýn od kláštera, z čehož je patrné, že šlo o jednu budovu (dnešní „staré lázně“ s nikou Panny Marie).
O pár let později, v roce 1739 pak lázně proslavil spis Jana Antonína Josefa Scrinciho, pozdějšího rektora Karlovy univerzity, jenž v něm doporučoval chuchelskou vodu k léčení ženských nemocí, žaludečních potíží, bolestí hlavy a dokonce i křečových žil, což doložil dvanácti zkouškami zdejší vody. Dále v knize doporučoval omývání těla léčivou vodou, a tak pod vlivem tohoto díla se v Chuchli začalo k léčení užívat koupelí ve vanách (zbytky těchto van byly v areálu lázní k vidění ještě na konci minulého století). Autor jedinečného a dnes z balneologického hlediska unikátního díla se zde rovněž zmiňuje i o dalším nájemci lázní – pobožném a slavném doktoru Fuchsovi. Sám chuchelské lázně nazývá Theodor–Bad, snad podle tehdejšího opata Zbraslavského kláštera. Dále zde zmiňuje také Kroniku českou Václava Hájka z Libočan, v níž je popisován spor dvou bratří z Chuchle, který nakonec rozsoudila sama kněžna Libuše, což potom vedlo k dosazení Přemysla na knížecí trůn. Zajímavý je i stručný popis krajiny – romantického údolí a pěkných výhledů z okolních kopců.
Věhlas chuchelské vody byl tak veliký, že ji podle místní pověsti pila i Marie Terezie. Spojení s mariánskou tradicí bylo tak silné, že v místě pramene v polovině 18. století vznikla malá kaplička s pískovovým reliéfem Panny Marie.
Rozvoj chuchelských lázní umožnilo také mimořádné zlepšení dopravního spojení se Smíchovem a Prahou. Dosud totiž vedla směrem od Zlíchova do Chuchle úzká a hrbolatá cesta, po které projelo vedle sebe jen několik párů koní. Hlavní dopravní trasa vedla přes nedaleký Slivenec. Za francouzské okupace Prahy v roce 1742, v době válek o rakouské dědictví, vylámali Francouzi skálu za plaveckým hostincem Vyskočilkou, pod dnešním Barrandovem a tím vznikla nová cesta.
Gruntovní kniha z roku 1750 nerozlišuje Malou a Velkou Chuchli, je z ní patrné, že se zde nacházela panská lázeň, mlýn a hospoda Vyskočilka.
Kostel Narození Panny Marie se ve své původní románské podobně neustále opravoval, jeho poloha na pokraji potoka měla totiž za následek časté podmáčení zdí, což vedlo k tomu, že se kostel nakonec zřítil. Zůstal z něj zachován pouze zvon z roku 1707, jenž byl zavěšen do nového kostela, který nechal na původním místě, s již dostačující navážkou postavit Zbraslavský klášter. Zasvěcen byl opět Narození Panny Marie a svému účelu začal sloužit 7. září 1774, kdy byl posvěcen posledním opatem kláštera, Celestynem Stoyem.
Josef II. nechal v roce 1785 Zbraslavský klášter zrušit a jeho majetek tak, včetně obou Chuchlí, připadl náboženskému fondu. Tím chuchelské lázně byly bez majitele až do 8. října 1787, kdy se konala veřejná dražba, na níž je za 1850 zlatých koupil Franz Jillich. Z kupní smlouvy vyplývá, že v tehdejší době již stála budova lázeňského hostince (čp. 42). Majitel lázní musel platit roční činži 80 zlatých a o vodu se dělil s majitelem nedalekého mlýna. Avšak již v následujícím roce, přesto že nechal udělat novou šindelovou střechu, se Jillich rozhodl jinak zpustlé lázně prodat zbraslavskému sládkovi Nedbalovi za 4000 zlatých. V Malé Chuchli bylo v té době osm popisných čísel, v její větší jmenovkyni asi dvakrát tolik.
15. května 1793 byl spolu se zlíchovským kostelem vykraden také kostel sv. Jana Nepomuckého, z něhož dokonce byly odcizeny i zvony. Od té doby byl zpustošený, a to až do roku 1846, kdy jej nechala na vlastní náklady opravit Marie Anna Oettingen Wallerstein).